В каждой директории проекта должен находиться файл README с описанием следующих моментов:
Зачем была создана данная директория и что она содержит;
По строчке описания каждого файла этой директории. Как правило, описание берётся из значения атрибута NAME в заголовке файла;
Инструкции по сборке и установке;
Ссылки на связанные источники: директории исходников, online документация, документация на бумажных носителях, документация по разработке;
И всё, что как-либо может помочь.
Представьте себе, что полгода после ухода последнего из зачинателей проекта в команду приходит новый человек. Этот одинокий и напуганный странник должен по кусочкам собрать и воссоздать полную картину проекта, пройдясь по директориям исходников и прочтя все README, make-файлы и заголовки в файлах исходников.